建筑合同索赔的程序如下：
索赔工作首先是要在合同规定的时间内提出索赔意向通知。索赔意向通知要简明扼要地说明以下四个方面的内容：
（1）索赔事件发生的时间、地点和简单事实情况描述；
（2）索赔事件的发展动态；
（3）索赔依据和理由；
（4）索赔事件对工程成本和工期产生的不利影响。
根据《标准施工招标文件》中的通用合同条款，承包人认为有权得到追加付款和（或）延长工期的，应按以下程序向发包人提出索赔：（1）承包人应在知道或应当知道索赔事件发生后28天内，向监理人递交索赔意向通知书，并说明发生索赔事件的事由；（2）承包人应在发出索赔意向通知书后28天内，向监理人正式递交索赔通知书；（3）索赔事件具有连续影响的，承包人应按合理时间间隔（一般为28天）继续递交延续索赔通知；（4）在索赔事件影响结束后的28天内，承包人应向监理人递交最终索赔通知书，说明最终要求索赔的追加付款金额和延长的工期，并附必要的记录和证明材料。
发包人对承包人的索赔要求进行审核和质疑主要围绕以下几个方面：（1）索赔事件是属于业主、监理工程师的责任还是第三方的责任；（2）事实和合同的依据是否充分；（3）承包商是否采取了适当的措施避免或减少损失；（4）是否需要补充证据；（5）索赔计算是否正确、合理。
根据《标准施工招标文件》中的通用条款，对承包人提出索赔的处理程序如下：（1）监理人收到承包人提交的索赔通知书后，应及时审查索赔通知书的内容、查验承包人的记录和证明材料，必要时监理人可要求承包人提交全部原始记录副本；（2）监理人应按第3.5款商定或确定追加的付款和（或）延长的工期，并在收到上述索赔通知书或有关索赔的进一步证明材料后的42天内，将索赔处理结果答复承包人；（3）承包人接受索赔处理结果的，发包人应在做出索赔处理结果答复后28天内完成赔付，承包人不接受索赔处理结果的，按合同约定的争议解决办法办理。
承包人提出索赔的期限如下：（1）承包人按合同规定接受了竣工付款证书后，应被认为已无权再提出在合同工程接收证书颁发前所发生的任何索赔；（2）承包人按合同约定提交的最终结清申请单中，只限于提出工程接收证书颁发后发生的索赔，提出索赔的期限自接受最终结清证书时终止。
反索赔的工作内容可以包括两个方面：一是防止对方提出索赔，二是反击或反驳对方的索赔要求。对索赔报告的反击要点为：索赔要求或报告的时限性；索赔事件的真实性；干扰事件的原因、责任分析；索赔理由分析；索赔证据分析；索赔值审核。